Cómo instalar trev en Ubuntu 22.04

Comando de instalación de una línea

Para los que tienen prisa, he aquí un comando de instalación de una sola línea:

sudo apt-get update && sudo apt -y install staden

Pero si está interesado en los pasos detallados con descripciones, la siguiente información es para usted.

Qué es trev y cuáles son las formas de instalarlo?

Antes de comenzar este tutorial, necesitará acceder a un servidor o a un ordenador que ejecute Ubuntu 22.04. Esta guía guía fue escrita específicamente con un servidor que ejecuta Ubuntu 22.04 en mente, aunque aunque también debería funcionar en versiones anteriores del sistema operativo.

Además, asegúrese de que está ejecutando un usuario normal, no root, con privilegios sudo configurado en su servidor. Cuando tenga una cuenta disponible, inicie sesión como su usuario no root para comenzar.

Hay varias formas de instalar trev en Ubuntu 22.04. Puedes utilizar (los enlaces son clicables):

En las siguientes secciones, describiremos cada método en detalle. Puede elegir uno de ellos o consultar el recomendado.

Instalar trev usando apt-get

Primero, actualice la base de datos apt con apt-get usando el siguiente comando.

sudo apt-get update

Después de actualizar la base de datos apt-get, puede instalar trev utilizando apt ejecutando el siguiente comando:

sudo apt -y install staden

Instalar trev usando apt

Porque trev está disponible en los repositorios, es posible instalarlo desde estos repositorios utilizando el sistema de empaquetado apt.

Para empezar, actualice la base de datos apt con apt utilizando el siguiente comando.

sudo apt update

Después de actualizar la base de datos apt, puede instalar trev utilizando apt ejecutando el siguiente comando:

sudo apt -y install staden

Instalar trev usando aptitude

Si quiere seguir este método, es posible que tenga que instalar aptitude primero ya que aptitude no suele estar instalado por defecto en Ubuntu 22.04. Actualice la base de datos de apt con aptitude utilizando el siguiente comando.

sudo aptitude update

Después de actualizar la base de datos de aptitude, Puedes instalar trev ejecutando el siguiente comando:

sudo aptitude -y install staden

Cómo actualizar un solo paquete paquete trev usando apt-get?

En primer lugar, tendrá que actualizar el índice de paquetes. Ejecute el comando update como de costumbre:

sudo apt-get update

A continuación, para actualizar sólo el trev, por ejemplo, un solo paquete, debe utilizar el siguiente formato con el comando apt-get/apt:

sudo apt-get --only-upgrade install staden

Note that this command will not install any new packages! Si desea instalar el paquete si no existe, puede omitir la parte de --only-upgrade.

sudo apt-get install staden

Cómo desinstalar trev de Ubuntu 22.04

Para desinstalar sólo el paquete trev se puede ejecutar el siguiente comando:

sudo apt-get remove staden

Desinstalar trev y todas sus dependencias

Para desinstalar trev y sus dependencias que ya no son necesarias para Ubuntu 22.04, puedes utilizar el siguiente comando:

sudo apt-get -y autoremove staden

Eliminar trev con todas las configuraciones y datos

Para eliminar la configuración y los datos de trev de su sistema puede ejecutar el siguiente comando purge:

sudo apt-get -y purge staden

Eliminar completamente trev (configuraciones, datos y todas sus dependencias)

Y por último, puedes ejecutar el siguiente comando para eliminar absolutamente todo relacionado con el paquete trev, por ejemplo: configuraciones, datos y todas sus dependencias. Sólo tienes que utilizar este comando:

sudo apt-get -y autoremove --purge staden

Información adicional y ejemplos de código

Staden es un conjunto completamente desarrollado de ensamblaje de secuencias de ADN (Gap4 y Gap5), herramientas de edición y análisis (Spin). Gap4 realiza el ensamblaje de secuencias, el orden contig basado en datos de pares de lectura, la unión contig basada en comparaciones de secuencias, la verificación de ensamblajes, la búsqueda repetida, la sugerencia de experimentos, el análisis de pares de lectura y la edición de contig. Tiene vistas gráficas de contigs, plantillas, lecturas y rastros que se desplazan en el registro. Las búsquedas del editor contig y las rutinas de sugerencia de experimentos utilizan valores de confianza para calcular la confianza de la secuencia de consenso y, por lo tanto, identifican solo lugares que requieren inspección de trazas visuales o datos adicionales. El resultado es un acabado extremadamente rápido y un consenso de precisión conocida. Pregap4 proporciona una interfaz gráfica de usuario para configurar el procesamiento necesario para preparar los datos de seguimiento para el ensamblaje o análisis, y automatiza estos procesos. Trev es un visor y editor rápido y flexible para archivos de seguimiento ABI, ALF, SCF y ZTR. Análisis de preacabado parcialmente completados secuencia ensambla y sugiere el conjunto más eficiente de experimentos para ayudar a finalizar el proyecto. Tracediff y hetscan localizan automáticamente las mutaciones comparando los datos de seguimiento con los rastros de referencia. Anotan las mutaciones encontradas listas para su visualización en gap4. Spin analiza secuencias de nucleótidos para encontrar genes, sitios de restricción, motivos, etc. Puede realizar traducciones, encontrar marcos de lectura abiertos, contar codones, etc. Muchos resultados se presentan gráficamente y una ventana de secuencia deslizante está vinculada al cursor de gráficos. Spin también compara pares de secuencias de muchas maneras. Tiene un análisis de matriz de puntos muy rápido, algoritmos de alineación global y local, además de una ventana de secuencia deslizante vinculada a las gráficas gráficas. Puede comparar el ácido nucleico contra el ácido nucleico, la proteína contra la proteína y la proteína contra el ácido nucleico.

Conclusión

Ahora tienes una guía completa sobre cómo instalar trev using apt, apt-get and aptitude tools. Además, mostramos cómo actualizar como un solo paquete y diferentes formas de desinstalar el trev de Ubuntu 22.04.

Ver también: