Cómo instalar trev en Fedora 34

Comando de instalación de una sola línea

Si sólo te interesa el comando de instalación, aquí tienes una respuesta rápida para ti:

sudo yum makecache && sudo yum -y install staden

sudo dnf makecache && sudo dnf -y install staden

Pero si le interesan los detalles con instrucciones paso a paso, la siguiente información le será útil.

Qué es trev y cómo se instala?

Lo primero es lo primero, necesitarás acceso a un servidor o a un ordenador que ejecute Fedora 34. Esta guía guía fue escrita específicamente con un servidor que ejecuta Fedora 34 en mente, aunque aunque también debería funcionar en versiones anteriores del sistema operativo.

Además, asegúrese de que está ejecutando un usuario normal, no root, con privilegios sudo configurado en su servidor. Cuando tenga una cuenta disponible, inicie sesión como su usuario no root para comenzar.

Hay varias formas de instalar trev en Fedora 34. Puedes utilizar (los enlaces son clicables):

En las siguientes secciones, describiremos cada método en detalle. Puede elegir uno de ellos o consultar el recomendado.

Instalar trev en Fedora 34 usando dnf

Primero, actualice la base de datos de paquetes dnf con dnf ejecutando el siguiente comando:

sudo dnf makecache --refresh

Después de actualizar la base de datos, puede instalar trev usando dnf ejecutando el following command:

sudo dnf -y install staden

Instalar trev en Fedora 34 usando yum

Dado que trev está disponible en los repositorios por defecto de Fedora 34, es posible instalarlo desde estos repositorios utilizando el sistema de empaquetado yum.

Para empezar, actualice la base de datos de paquetes locales con yum utilizando el siguiente comando.

sudo yum makecache --refresh

Ahora puede instalar el paquete trev en su servidor/ordenador ejecutando el siguiente comando:

sudo yum -y install staden

Cómo actualizar un solo paquete paquete trev usando yum?

Para actualizar todos los paquetes disponibles en el sistema:

yum update

Si desea actualizar un paquete específico como trev en este ejemplo debe utilizar el siguiente comando:

yum update staden

Para degradar un paquete a una versión anterior:

yum downgrade staden

Cómo actualizar trev en Fedora 34 con dnf?

Cuando se ejecuta el dnf update, se actualizan todos los paquetes del sistema con actualizaciones disponibles. Sin embargo, si desea actualizar un solo paquete, entonces tendría que pasar el nombre del paquete como el argumento al comando dnf update.

dnf update staden

Cómo eliminar trev de Fedora 34

Para desinstalar sólo el paquete trev se puede ejecutar el siguiente comando:

sudo dnf remove staden

Información adicional y ejemplos de código

Staden es un conjunto completamente desarrollado de ensamblaje de secuencias de ADN (Gap4 y Gap5), herramientas de edición y análisis (Spin). Gap4 realiza el ensamblaje de secuencias, el orden contig basado en datos de pares de lectura, la unión contig basada en comparaciones de secuencias, la verificación de ensamblajes, la búsqueda repetida, la sugerencia de experimentos, el análisis de pares de lectura y la edición de contig. Tiene vistas gráficas de contigs, plantillas, lecturas y rastros que se desplazan en el registro. Las búsquedas del editor contig y las rutinas de sugerencia de experimentos utilizan valores de confianza para calcular la confianza de la secuencia de consenso y, por lo tanto, identifican solo lugares que requieren inspección de trazas visuales o datos adicionales. El resultado es un acabado extremadamente rápido y un consenso de precisión conocida. Pregap4 proporciona una interfaz gráfica de usuario para configurar el procesamiento necesario para preparar los datos de seguimiento para el ensamblaje o análisis, y automatiza estos procesos. Trev es un visor y editor rápido y flexible para archivos de seguimiento ABI, ALF, SCF y ZTR. Análisis de preacabado parcialmente completados secuencia ensambla y sugiere el conjunto más eficiente de experimentos para ayudar a finalizar el proyecto. Tracediff y hetscan localizan automáticamente las mutaciones comparando los datos de seguimiento con los rastros de referencia. Anotan las mutaciones encontradas listas para su visualización en gap4. Spin analiza secuencias de nucleótidos para encontrar genes, sitios de restricción, motivos, etc. Puede realizar traducciones, encontrar marcos de lectura abiertos, contar codones, etc. Muchos resultados se presentan gráficamente y una ventana de secuencia deslizante está vinculada al cursor de gráficos. Spin también compara pares de secuencias de muchas maneras. Tiene un análisis de matriz de puntos muy rápido, algoritmos de alineación global y local, además de una ventana de secuencia deslizante vinculada a las gráficas gráficas. Puede comparar el ácido nucleico contra el ácido nucleico, la proteína contra la proteína y la proteína contra el ácido nucleico.

Conclusion

Ahora tienes una guía completa sobre cómo instalar trev usando los gestores de paquetes dnf y yum. Además, mostramos cómo actualizar manualmente como un solo paquete y diferentes formas de desinstalar el trev de Fedora 34.

Ver también: